上世纪60年代以来，受周边环境恶化、地下水位下降和风沙掩埋等影响，敦煌月牙泉水域面积缩减、水位大幅度下降。为了保护月牙泉，2007年，敦煌市启动了专门针对月牙泉水位下降的应急治理工程措施，在不破坏原有生态景观的基础上，通过周边渗水，加大对月牙泉地下水补给，以达到回升水位的目的，同时，加强了对环境的绿化和美化。这一措施已取得积极成效。